Nació el 30 de mayo de 1888, en la ciudad de Puno. Hijo de don Mariano Encinas y de doña Matilde Franco, fue el mayor de siete hermanos. Hizo sus estudios primarios en una escuela dirigida por don José María Miranda, posteriormente la secundaria en el Colegio Nacional San Carlos en su tierra natal, que fuera fundado por Bolívar cuando viajaba al Alto Perú, en el inicio de la República, allá por 1826. En 1905 pasó a Lima, donde ingresó a la Escuela Normal del Perú. Esta escuela funcionaba en base a becas otorgadas a la distintas regiones del país y al maestro Encinas le valió la distinción de representar a Puno. Allí se convirtió en uno de los primeros maestros con título profesional cuando egresó como Normalista de la primera promoción, en 1906. Asumió en 1907, en Puno, la dirección del Centro Escolar de Varones Nº 881 e inicia el ensayo de la primera escuela nueva en el Perú. Testimonio de esta obra es la excelente generación de personalidades que se forjaron en dicho centro En los pocos años que dirigió este plantel ejerció como maestro una fuerte influencia en la formación de sus alumnos. Ellos llegaron a ser hombres honestos y trabajadores y en algunos casos consiguieron relieve nacional: Alejandro Peralta, Gamaliel Churata, Luis de Rodriga, Emilio Armaza, Emilio Romero, son algunos de los nombres que conviene citar. En el año 1911 retornó a Lima por ser nombrado profesor de la Escuela Normal del Perú, cargo que desempeñó hasta 1915. Mientras seguía siendo miembro de otros planteles de profesores titulares de diversos centros, siguió estudios en la Universidad Mayor de San Marcos, donde obtuvo el título de Bachiller en Letras el 22 de diciembre de 1913 y con sus tesis sobre Las causas de la criminalidad indígena en 1917 y Contribución a una legislación tutelar indígena en 1918, optó los grados de Bachiller y Doctor en Jurisprudencia respectivamente.

Para el primer gobierno del presidente Leguía fue elegido Diputado por la provincia de Puno para el período de 1919 a 1923, desplegando una intensa labor al dedicarse a proponer leyes y realizar obras a favor de la educación y de la población indígena, secundando las ideas de Germán Leguía y Martínez. Fue desterrado en 1924 debido a su franca oposición a la reelección de Leguía. Entonces, se trasladó a Guatemala, en cuya Universidad regentó la cátedra de Psicología. Gracias a una beca de la Universidad de Cambridge en Inglaterra, que le otorga la Fundación Carnegie para la Paz Internacional, obtiene el Título de Master en Antropología en el año de 1927 con una tesis que versa sobre el indio aymara del Perú. Continuó su recorrido por los claustros europeos realizando estudios en Bolonia y Padua, entre 1927 a 1928 y en Francia, ingresó a la Universidad de La Sorbona entre 1928 a 1929, obteniendo el título de Doctor en Ciencias de la Educación. Por esos años estaba la plena efervescencia el movimiento mundial por una escuela nueva, cuyos nombres cimeros fueron Decroly, Montessori. Dewey. Kilpatrick. Kerschensteiner, pero faltaban treinta años para que se escucharan las voces del movimiento francés por la Nouvelle Education. No se conocía el trabajo de Makarenko ni se había escrito Summerhill, el famoso libro de Nebi, tampoco se había producido aún la hermosa experiencia de Jesualdo Sosa en Uruguay ni se había creado la Escuela Ayllu de Warisata en Bolivia, bajo la luminosa inspiración de Elizardo Pérez. Encinas no tenia, en consecuencia, muchos referentes externos que alimentaran sus planteamientos y ello resalta su clarividencia. Posteriormente se trasladó a España y funda en Barcelona El Pedagogismo Institución de Investigación y Experimentación Educativa, y en 1930 dirigió el Colegio Pedagogium de la misma ciudad.

A la caída del gobierno Leguía, en 1930, retornó al Perú, y al año siguiente es elegido por la Asamela Universitaria, Rector de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos de 1931 a 1932, donde inició una vigorosa modernización de sus orientaciones y efectuó el primer ensayo de participación estudiantil en el gobierno del claustro, pero la casa de estudios fue clausurada por el gobierno de turno, pasando al retiro forzado. En 1933, fundó con sus hermanas el Colegio Dalton y organizó la Biblioteca Infantil Peruana que edita la Serie Dalton de Cuadernos de Trabajo. Fue invitado por el gobierno de Panamá a dictar conferencias en el magisterio donde también ejerció la docencia en al igual que en Costa Rica, Guatemala y en el colegio Marga de Cuba y cuando intentó volver al país, se le cerraron las puertas. En el lapso entre 1937 a 1944 trabajó a cargo de la jefatura del Departamento de Psicopedagogía del Liceo Aguayo, en La Habana, donde realizó investigaciones como Pruebas de madurez para aprender. En 1937, al ser elegido senador por Puno, vuelve al país por Bolivia, pero al ser anuladas las elecciones, vuelve a ser expatriado por tercera vez y se dirige a EE.UU. invitado por la Fundación Carnegie y cuando pudo retornar al fin de la Segunda Guerra, fue elegido Senador por Puno entre 1945 a 1948 y entre 1950 a 1956, con Emilio Romero, formando un bloque de defensores de los auténticos intereses nacionales. En 1947 patrocinó la creación del Instituto de Experimentación Educacional en Puno y asesoró el ensayo del Sistema de Organización Escolar por Niveles de Aprendizaje. En 1956 asistió en Lima al I Congreso sobre Desarrollo de la Educación Primaria en América Latina y a partir de ese año, se dedicó a escribir sus últimas obras. En 1957 es elegido Director del Instituto Indigenista Peruano y Presidente del Instituto de Lenguas Aborígenes. La Facultad de Letras y Pedagogía de la Universidad de San Marcos, le otorgó el título de Doctor Honoris Causa, con motivo de sus Bodas de Oro Magisteriales y en la Gran Unidad Escolar Bartolomé Herrera, que en ese entonces era dirigido por el educador Jorge Harrison, colocaron su retrato en la galería de educadores ilustres.

Dos mujeres tuvieron un lugar destacado en la vida sentimental del Amauta Encinas. Primero doña Alicia Bustamante, mujer culta, inteligente, libre pensadora y de gran personalidad, juntos divergían en ideas, sobre todo en el ámbito social pero sólo la muerte los separó. Luego doña Rita Edelmira del Pando Mendizábal, educadora, precursora del deporte femenino en las escuelas, con quién tuvo su único hijo de sangre, José Antonio Encinas del Pando.

En su periplo por diferentes países como expatriado, período en que fue desarrollando su teoría y obra en la creación de una pedagogía peruana nacional, dictó conferencias sobre diversos temas de interés mundial, así como también escribió numerosas obras fundamentalmente en materia educativa, adelantándose en su época a lo que hoy en día desarrollamos en el nuevo enfoque educativo. Entre su vasta obra se destacan:

• La Educación del Indio, Puno 1908.
• El problema del profesorado nacional, Lima 1910.
• La educación: su función social en el Perú, en el problema de la nacionalización, Lima 1913.
• Contribución a una legislación tutelar indígena, Lima 1918.
• Causas de la criminalidad indígena en el Perú, Lima 1919.
• Un ensayo de escuela nueva en el Perú, París 1932 y Lima 1959.
• Mi familia, mi escuela, mi casa, Lima 1934.
• 0 (Cero), Santiago 1935.
• Higiene mental, Santiago 1936 y 1946.
• La educación de nuestros hijos, Santiago 1938.
• Enciclopedia Escolar Ercilla, Santiago 1938.

Editó las revistas siguientes:

• Educación, Puno 1908.
• El amigo de los niños, Puno, 1910.
• Juventud, Lima 1912.
• Germinal, Lima 1918.
• La educación nacional, Lima 1918.

Inició, la publicación de una Biblioteca de Antropología Peruana, con tres monografías de Heinrich Cunow en París. También dedicó sus estudios al indio como en: Los Aymaras del Perú y Totemismo.

En la madrugada del 10 de julio de 1958, a los 70 años, sucumbió víctima del mal que hace años minaba su salud, en su casa de retiro de la avenida Primavera, en Miraflores. Muere sin gozar de pensión alguna del Estado. Sus restos reposan en el cementerio El Ángel y su tumba está compuesta de dos planchas: una vertical y otra horizontal. En la vertical está su nombre y una corona con las Palmas Magisteriales otorgadas post mortem por el Ministerio de Educación. En la lámina horizontal hay un libro abierto en el que se lee el más grande pensamiento del Amauta Encinas:

“El más alto cargo que un ciudadano puede desempeñar en una democracia es el de maestro de escuela”.

La Universidad de San Marcos, el Congreso Nacional y las Instituciones Magisteriales del país le rindieron homenajes póstumos y para honrar su memoria y difundir su pensamiento en 1968 se fundó en Lima el Instituto José Antonio Encinas.

Durante la vida del maestro Encinas su labor fundamental estuvo al servicio de la educación y las clases populares, bregando por la educación como un fin social y por los derechos civiles y el desarrollo del indígena peruano. Su pensamiento es vasto y múltiple. El abordó muchos campos: la problemática jurídica respecto del poblador indígena, la reforma de la universidad, la educación en la escuela primaria, el rol de los padres en la educación de los hijos, ciertos aspectos de la sicología infantil, y sus reflexiones fueron vertidas en libros que hoy, a pesar de su importancia, son poco estudiados. Dominó todas las ideas y planteos que la escuela moderna o el enfoque que la educación sostiene aún, tales como:

1. La revalorización del niño reconociéndolo como centro de la acción educativa.
2. El rol protagónico de la afectividad y la autoestima.
3. Función creativa del niño, como elemento más importante de la educación.
4. El rol del maestro como orientador y líder.
5. El ideal de equidad y la justicia social.
6. Su concepción amplia y profunda acerca de la disciplina, respetando por sobre todo la libertad del niño.

Una manera de ver la propuesta de Encinas es relacionarla con su momento. Encinas, atento a las circunstancias, supo responder con valentía a lo que por entonces perturbaba la educación. De allí su voto por la escuela laica, no porque él se manifestara en contra de la doctrina, sino porque la iglesia no habla podido citando sus palabras "redimir al Indio de la ignorancia y de la esclavitud". De allí también su proclama contra el latifundio, que consideraba como el principal obstáculo para la educación del poblador indígena.

Encinas lo sintetizó así:

“El maestro es el camarada de mayor experiencia, que aconseja, guía y sugiere. La clase es un laboratorio, un museo, un taller, donde se experimenta, se observa y se trabaja, ya no es el aula donde pontifica el maestro. Desaparece la tortura de las lecciones y de los exámenes, puesto que no hay enseñanza clasificada, sino utilizada. La mejor lección es un proyecto de trabajo, y el mejor examen, su ejecución”.

"El niño es el ser más incomprendido y el más conculcado de todos los tiempos. Todos los males que sufre la sociedad actual son consecuencia de nuestra incapacidad para comprender a los niños. Hay que prepararse para comprenderlos".